Under medeltiden så uppfördes även två kloster i Skara stift, varav det ena var ett dominikanerkloster och det andra var för franciskaner. Dom båda klostren grundades 1234 och 1259 respektive. Dominikanerorden är en katolsk order som instiftades år 1215 i Toulouse av en ung spansk präst vid namn Domingo De Guzman, idag mer känd som den helgonförklarade Dominicus. Ordens formella latinska namn är Ordo Praedicatorum, Predikarorden, men kallades oftare i folkmun för ordleken Domini canes, Herrens Hundar. Detta smeknamn kom ifrån deras viktiga roll inom att bygga upp inkvisitionen, som upprättades utav påve Innocentius III, en av medeltidens största och mäktigaste påvar. Inkvisitoriskt system innebär ett system där domaren i en domstol är både ordförare och undersökningsledare och har en mycket aktivare roll i utredningar. Inkvisitionens främsta mål var att bekämpa villoläror inom den katolska etablerade trosuppfattning, motverka kätteri och utövandet av hedniska ritualer. Dominikanerna användes för att bygga upp inkvisitionen för att kunna döma under det så kallade Albigenserkriget i Frankrike (i Frankrike så kallades katarerna för albigenser efter deras borg i staden Albi), där det pågick stridigheter mellan katolikerna och katarerna vars tro var av dualistisk lära, vilket innebar att dom ansåg att den katolska kyrkan var girig och alldeles för materialistisk. I kort så är katarerna ett samlingsnamn för en grupp mindre sekter och grupperingar inom kristendomen med en dualistisk religiös syn på tro och utförande. I Sverige så satte dominikanerna ofta press på dom som fortfarande utövade asatro och ansåg även att den tidens vandrade folk i norden, dåtidens motsvarighet till dagens samer, var ett hedniskt folk som antingen skulle konvertera eller straffas hårt. Dominikanerna var även en tiggarorder och medlemmarna kallas ofta för ”svartbröder” eller ”svartmunkar”. Även om dom byggde upp ett eget kloster i Skara och på andra områden i Sverige så är dock dominikanerna inte en munkorder per se, utan räknas som ett kyrkligt samfund.
Franciskanorden å andra sidan är en renodlad munkorder, och kan oftast kännas igen på dom vita rep, cingulum, som dom bär runt midjan. Repet har tre stycken knutar och dessa är till för att ständigt påminna bäraren om dom tre konventlöftena, vilka är lydnad, fattigdom och kyskhet. På latin så kallas ordern för Ordo Fratrum Minorum, vilket översatt blir de ”mindre brödernas orden” och grundades runt år 1210 utav den helgonförklarade munken Franciskus av Assisi. Han har ofta betraktats som den mest kristuslika helgonet genom historien inom den katolska kyrkan. Bland annat lär han ha utfört en rad olika mirakel, reparationer utav kyrkobyggnader och välgörenhet. Det var år 1210 som påve Innocentius III gav Franciskus och hans anhängare den muntliga tillåtelsen att predika, dock så var det inte förrän omkring 1223 som Franciskusordern verkligen blev en regelrätt munkorder. Medlemmar i Franciskusordern brukar i folkmun kallas för ”gråbröder” eller ”gråmunkar” efter deras föredragna klädsel vilket är en enkel grå särk med ett ritat kors på ryggen.
Båda klostren samt en rad små kyrkor och ett prästhärbärge revs dock ner till grunden på order utav konung Gustav Vasa efter att en munk (om det var en Dominikaner eller Franciskusmunk är dock omtvistat) lär ha retat upp honom. Detta i kombination med Vasas avsky till den katolska kyrkan ledde att han lät ödelägga klostren och skicka dom kvarvarande munkarna till sina respektive församlingar i Sigtuna.